Pero esta armonía inicial se vería parcialmente turbada no mucho tiempo después. Las resistencias hacia el peronismo se mantenían en algunos sectores de la Iglesia: en 1948 el diputado Héctor Cámpora solicitó la remoción del párroco de San Andrés de Giles, por sus manifiestas actitudes públicas en contra del gobierno.
Ante la negativa de la jerarquía eclesiástica, el gobierno retira la partida presupuestaria correspondiente a la diócesis de Mercedes, de la cual depende la parroquia cuestionada.
Más tarde se producirá la detención de tres sacerdotes, bajo la acusación de estar complicados en un complot contra la vida del presidente. Aunque dos de ellos son liberados prontamente, el episodio origina una recriminación de Perón al cardenal primado, monseñor Copello, por las actividades del clero, que éste responde públicamente.
En junio de 1949, el mismo Copello hace una referencia a las persecuciones de que es objeto la Iglesia, aunque no alude expresamente a la argentina.
Hacia fines de ese mismo año, desde las páginas del periódico Presencia, el sacerdote Julio Nenvielle lanza una dura campaña contra el gobierno a través de un artículo titulado "Hacia un nacionalismo marxista", Menvielle, un tradicionalista con influencia sobre la derecha católica y algunos medios militares - en especial de la aeronaútica-, se manifiesta contra las tendencias "colectivistas" y "materialistas" del peronismo.
En momentos en que las relaciones oficiales con la Iglesia se han enturbiado, debe realizarse en Rosario el Congreso Eucarístico Nacional -octubre de 1950- para lo cual viaja al país el legado pontificio, cardenal Ernesto Ruffini.
Todo hace suponer que el presidente no se hará presente en el Congreso. Sin embargo, Perón viaja con Eva a Rosario. presenta sus saludos al prelado y participa en las celebraciones.
Perón aprovecha la ocasión para reafirmar la postura de su gobierno frente a la cuestión religiosa: "No es un buen cristiano aquel que va todos los domingos a misa y hace cumplidamente todos los esfuerzos por satisfacer las disposiciones formales de la religión. Es mal cristiano cuando, haciendo todo eso, paga mal a quien le sirve y especula con el hambre de los obreros de sus fábricas para acumular unos pesos al final del ejercicio.
Ese podrá cumplir todas las formas que el cristianismo impone a los católicos, pero no será jamás un buen cristiano. Por eso, compañeros, el peronismo, que quizás a veces no respeta las formas pero trata de asimilar y de cumplir el fondo, es una manera efectiva, real y honrada de hacer el cristianismo, por el que nosotros, los argentinos, sentimos una inmensa admiración".
Aunque Perón continuará participando en las ceremonias oficiales de la Iglesia, conforme a su investidura, la tirantez no dejará de percibirse. En 1951 el gobierno suprimirá los feriados correspondientes a algunas festividades religiosas, en el marco del esfuerzo por lograr una mayor productividad en la economía.
Sin embargo, a comienzos de 1953, el reemplazo del nuncio apostólico monseñor Fietta -a quién Perón no había dispensado recibimiento oficial- por monseñor Zanin, traerá cierta distensión: el nuevo enviado papal mantiene una antigua amistad con el presidente.
El 1 de mayo de ese año, Perón dirá en su mensaje que "el gobierno no ha escatimado esfuerzos para continuar inalterable la tradicional política de franca colaboración y entendimiento con la Santa Sede".
Pero había también un proceso menos visible, que incidiría en la cuestión. Las posiciones de la Iglesia, inicialmente favorables al peronismo, sufrirían una modificación por motivos ajenos al gobierno argentino.
Ocurriría que, tras los primeros años de la posguerra y con el inicio de la "Guerra Fría", la estrategia diseñada por la Iglesia para el continente europeo, destinada a contener el avance comunista, consistió en impulsar la creación de los partidos demócratas cristianos.
Posteriormente se ensayaría a hacer otro tanto en Sudamérica. En apariencia, esta iniciativa obedecería a la creciente influencia en el Vaticano del Arzobispo de Nueva York, Joseph Spellman, perteneciente al sector liberal de la Iglesia y tenaz opositor de las experiencias de nacionalismo popular en marcha en América Latina, tales como el peronismo o el MNR boliviano.
Hacia el año 1949 esa estrategia habría empezado a materializarse con una reunión realizada en Montevideo, a los efectos de planear el lanzamiento de los partidos demócrata cristianos.
Sin embargo, se trataba aún de pasos muy incipientes. Esa política trazada desde el Vaticano recién comenzaría a ser impulsada con más vigor hacia el año 1952. Por entonces, algunos sectores de la jerarquía católica en unión con militantes nacionalistas -apartados desde tiempo atrás del peronismo- se darían a la tarea de organizar un partido demócrata cristiano.
A fin de sumar fuerzas, la Iglesia comenzó a dar estímulo a diversas organizaciones y nucleamientos católicos: de profesionales, obreros y empresarios. Simultáneamente, intensificó sus actividades la Acción Católica. Según se verá, estas iniciativas causarían preocupación y desagrado a Perón, que interpretaría la creación de esas instituciones como un velado intento de contrarrestar los esfuerzos organizativos emprendidos por él en los distintos sectores sociales.