El 28 de junio de 1966, las Fuerzas Armadas destituyen en forma incruenta al gobierno radical de Arturo Illia. La Junta de Comandantes en Jefe, integrada por el general Pascual Pistarini, el almirante Benigno Varela y el brigadier Teodoro Alvarez, se hace cargo del poder en forma interina.
Los primeros decretos disponen la destitución del presidente y vicepresidente, como también la de los gobernadores e intendentes. El Congreso Nacional y las legislaturas provinciales son disueltos, y se separa de sus cargos a los miembros de la Corte Suprema. También es prohibida la actividad de los partidos políticos y confiscados sus bienes.
Respecto de las razones del golpe un informe previo preparado en el Estado Mayor del ejército efectuaba las siguientes previsiones:
a) De no adoptar medidas que lo impidan, en marzo '67 el peronismo obtendrá el triunfo electoral en varias provincias, incluso en algunas de las llamadas "provincias mayores" (Buenos Aires, Santa Fe, Córdoba).
b) El debilitamiento del Gobierno y el triunfo electoral peronista en marzo '67 lleva naturalmente al acceso al gobierno nacional al peronismo en 1969.
c) El triunfo peronista en 1969 significa la implantación de una república sindical totalitaria de izquierda.
d) En los cuadros del Ejército hay un porcentaje que, por ingenuidad e impulsados por el deseo de mantener la legalidad, no se opondrán al acceso del peronismo al poder.
e) En el momento de las elecciones el peronismo superará sus divisiones internas presentando un frente único.
f) Se considera a los efectos de este estudio como enemigo al peronismo sindicalista y no al partido gobernante".
Conocedor de la anarquía interna por la que atraviesa el Movimiento, Perón toma previsiones para afrontar lo que prevé como una etapa dura, de claro enfrentamiento con el gobierno militar. En el mes de noviembre, solicita al mayor Pablo Vicente -que lo visita en Madrid- que busque el hombre adecuado para desempeñar la conducción in situ en esas circunstancias, que ponen a prueba el temple de los dirigentes. De la sugerencia de Vicente resultara el nombramiento del mayor Bernardo Alberte como secretario general del Movimiento, que se hará efectiva en marzo de 1967.
La etapa de la democracia proscriptiva de los libertadores concluía con un enorme triunfo de Perón. Había roto el cerco gorila dividiendo la alianza libertadora y derrotando cada una de las alternativas que los enemigos le habían presentado.
Un triunfo que se ennoblecía por las condiciones de represión brutal ejercida contra el movimiento y sus militantes. Sumado a las condiciones de extraordinaria precariedad en las comunicaciones y recursos económicos, debido a la persecución ejercida sobre el líder.
Su acción política había desnudado finalmente al verdadero enemigo, que acorde con las nuevas estrategias del imperialismo se había transformado en un ejército de ocupación al servicio del pentágono.
El asalto final del movimiento nacional tendría como protagonistas a una nueva generación, que se lanzaría a la acción con un grado de heroísmo y compromiso únicos, uniéndose a su pueblo en la lucha por la liberación nacional y el retorno del líder a la Patria.