Cada acción terrorista del ERP contribuía, por otra parte, a desatar una ola de represalias que solía tener por destinatarios a los militantes de la izquierda peronista, mucho más expuestos que los miembros de la organización guerrillera clandestina.
El 8 de febrero, en el curso de una conferencia de prensa llevada a cabo en la residencia Presidencial de Olivos, tuvo lugar un incidente verbal cuando una periodista del diario "El Mundo" hizo referencia a la "escalada de atentados fascistas y afirmó que los mismos eran obra de "grupos parapoliciales de ultraderecha".
El presidente reaccionó vivamente y preguntó a la cronista si se hacía responsable de su afirmación, a la vez que ordenaba al edecán aeronáutico que tomara los datos pertinentes para que se iniciara causa judicial a la acusadora.
La periodista insistió, preguntando qué medidas adoptaría el gobierno para prevenir nuevos atentados, y Perón respondió: "Las que está tomando: esos son asuntos policiales que están provocados por la ultraizquierda y la ultraderecha. La ultraizquierda, que son ustedes y la ultraderecha, que son los otros. De manera que arréglense entre ustedes.
La policía procederá y la Justicia también. Indudablemente que el Poder Ejecutivo lo único que puede hacer es detenerlos a ustedes y entregarlos a la Justicia. A ustedes y a los otros. Lo que nosotros queremos es paz, y lo que ustedes no quieren es paz". El diario El Mundo sería clausurado el 14 de marzo.
En Córdoba se habían registrado episodios de gravedad. La policía provincial había dado muerte a cinco personas que se desplazaban en una camioneta, luego identificadas como dirigentes de la Federación de Cooperativas Agrarias. Un juez ordenó la detención de los policías, y más tarde sufrió un atentado en su domicilio.
El 27 de febrero el gobernador Obregón Cano relevó al jefe de policía, coronel Antonio Navarro, que se encontraba acuartelado. Pero este último, acompañado de un centenar de efectivos de la fuerza tomó por asalto la Casa de Gobierno en horas nocturnas, deteniendo al gobernador y al vicegobernador, Atilio López. En tanto, unos tres mil policías ocupaban todos los lugares estratégicos de la ciudad y los medios de difusión, practicando algunos arrestos. En medio de consignas antiizquierdistas, se anunció el derrocamiento del gobernador.
Se había producido un golpe de estado y la provincia estaba acéfala, por lo que la situación era grave. Las 62 Organizaciones locales, enfrentadas con Obregón Cano, apoyaban el pronunciamiento.
El ministerio del Interior manifestó que "el problema cordobés quedaba circunscripto al ámbito provincial", y la situación se prolongó hasta el 11 de marzo, en que asumió como gobernador interino el presidente de la Cámara de Diputados y los sediciosos pusieron en libertad a Obregón Cano y López. Perón no se pronunció y el Congreso dictó la intervención a la provincia de Córdoba.
En la dura puja interna que tenía lugar en el peronismo, la izquierda daba otro traspié al perder una situación provincial que le era favorable. Pero de algún modo, se habría convalidado un acto sedicioso y sus responsable quedaban sin sanción alguna. Resultaba un precedente inquietante en momentos en que preservar el orden era un imperativo.